工業団地にモンスターが大量発生！ストリングマン大尉は特別怪獣チームを率いて怪獣を迎え撃つが、それでも次々と怪獣が現れる。怪獣災害が起きた工業団地と怪獣の残骸処理専門会社ネクロマスとの間には何か特別な関係があるのかもしれない特別怪獣チームはすぐさまネクロマスのCEOであるマフシ博士を発見した。ネクロマスの研究所が現在研究しているのは「ダムドコシン」と呼ばれるもので、生命の根源に触れ、生物学的な不死を実現できるという研究開発が完了しようとしている。その時、突如として宇宙の覇者を名乗るダムノ星人が皆の前に現れた。同時に「ダムド・ケシン」の保管庫も破壊され、それは研究所にあった全ての魔物のサンプルを吸収し、恐るべき魔獣「骸骨魔獣ゴンギルゴン」と化した。今、日本の首都を舞台に、ウルトラマンブレイザーと特別怪獣チームと怪獣たちの壮絶な決戦が本格的に始まる！