物語の舞台は未来の世界、その時、どこからともなく現れた「ヒュージ」と呼ばれる生命体が、人類の運命を滅亡の危機に瀕させた。この頃、世界各国は団結してヒュージに対抗できる兵器を発明しており、その兵器のみを使用する少女はリリーと呼ばれる。やがて、リリィを育成するための「ガーデン」専門学校が各地に設立され、それぞれに名前と特徴があった。 主人公の一柳梨々（赤尾光が指導）は百合ヶ丘女子学園に通っていた。冷酷で強気な性格の白井夢明（CV：夏樹裕子）、銀のスプーンをくわえて生まれた金持ちの娘ヌベル（CV：井澤美香子）、そして、性格の悪い二川風水（CV：西本）。超高いIQと幅広い知識を持つリリは、学校で共に戦う仲間たちと知り合いました。