近い将来、地球環境は徐々に悪化していきます。謎の異星人入植者たちは、海底のワームホール「隙間」から巨大で冷たく、速く、有毒な怪物を次々と地球に送り込み、入植地破壊計画を系統的に実行していた。このため、人類は力を合わせて怪獣に匹敵する巨大なメカ戦士を造る「イェーガー計画」を立ち上げたが、怪獣が徐々に進化するにつれ、各国の政治家達は総力を挙げて敗北した。より防御的な「生命の壁」で侵入者を阻止するために、彼らはすぐに挫折に遭遇しました。この重大な局面において、依然として「イェーガー計画」を秘密裏に推進しているステック・ペンテコスト将軍（イドリス・エルバ）は、5年前に大打撃を受けた「危険な放浪者」の運転手（チャーリー・ハナム）を回収した。厳正なる選考の結果、新たな相棒・森麻子（菊池凛子）が選ばれた。復活した「ワンダラー」は、残りの3機のメカ戦士とともに、より強力なモンスターの侵略者に立ち向かい、敵を完全に殲滅する好機を窺っている。広大な海の上で、人類を守る戦いが次々と始まる……。