ミュータントのアポカリプス（オスカー・アイザック）は人類文明の黎明期に生まれ、人間から神として崇められていたが、最も忌み嫌っていた人間たちに裏切られ、数千人が遺跡に埋もれた。瞬く間に何年も経ちました。事故により、アポカリプスは何千年も眠り続けた後、混乱から目覚めました。彼が世界に戻ったとき、彼はかつて高貴なミュータントが現在非常に悪い状況にあることに気づきました。ミュータントのための新しい世界を築くために、彼はストーム（アレクサンドラ・シップ）、サイロック（オリヴィア・マン）、エンジェル（ベン・ハーディ）、そして普通の生活を送りたいが依然としてミュータントから追放されているマグニートー（マイケル・ファスベンダー）を見つけた。人間、黙示録の四騎士を形成します。アポカリプスの動きを察知したプロフェッサーX（ジェームズ・マカヴォイ）は、ミスティーク（ジェニファー・ローレンス）、ビースト（ニコラス・ホルト）、フェニックス（ソフィー・ターナー）らを率いて、アポカリプスの陰謀を粉砕することを誓う。