昨シーズンのプロットを継続すると、モルダーが騙され、時間の間違いに気づき、スカリーと共謀して政府高官を欺き、「普通のFBI特別捜査官が立ち入ってはならない」場所に忍び込んだことが判明する。必要な情報を収集するため。今シーズンは、植民地時代の陰謀に抵抗するために団結して完全に変身していない混血エイリアンが登場し、ますますエキサイティングになっています。スカリーさんは誘拐された際に子宮を摘出されたが、今年、赤ちゃんのエミリーが誕生した。今年、制作チームは、2 つのエピソードのゲスト脚本を執筆するために 2 人の有名な SF 小説家も雇いました。今年はコメディーエピソードもあります。映画の公開に合わせて『X-ファイル』全体にキャラクターやコンテンツが追加され、組織「シンジケート」の陰謀がますます明らかになり、モルダーは再び真実に近づいていく。モルダーの元ガールフレンドの登場も、モルダーとスカリーの関係に大きな試練を与える。シーズンはスモーキングマンがすべてのX-ファイルファイルを燃やすことで終了した。