「スーパー」ソニック（ベン・シュワルツの声）と「スーパー」キュートなテイルス（コリーン・オショーネシーの声）と「スーパー」強いナックルズ（ベン・シュワルツの声）。イドリス・エルバ（イドリスの声）の助けを借りてエルバ島）の3人組が再び楽しい冒険に出発します！今回彼らは、かつてないほどの強敵、シャット（キアヌ・リーブスの声）と対峙することになるが、ソニックチームの強さは、強力なシャットの強さとは比べものにならない。この厄介な謎の敵を解明するために、ソニックはかつてのライバルであるドクターを見つけた。エッグマン（ジム・キャリー）はシャットを止めるために力を合わせ、シャットの秘密が徐々に明らかになる。この危機の背後には、さらに狡猾な手が潜んでいる。チームソニックは団結してシャドウを倒し、世界を救うことができるでしょうか?